信息安全国家重点实验室筹建于1989年，1991年通过国家验收并正式对外开放，是我国信息安全领域创建最早的研究机构之一，也是目前国内唯一一家信息安全领域的国家重点实验室，依托单位为中国科学院信息工程研究所。
实验室的总体定位是：瞄准国际信息安全学科发展前沿，密切结合国家信息安全战略需求，进行信息安全前沿性和前瞻性科学问题创新性研究和自主信息安全关键技术研发。
实验室的总体目标是：为国家信息安全保障体系建设提供理论指导和科学依据；对前沿性和前瞻性信息安全科学问题进行创新性研究，以促进和推动信息安全学科的发展；研发具有自主知识产权的关键安全技术和系统，以满足国家和行业部门的需求；为国家培养高水平的信息安全专业人才。
截至2015年底，信息安全国家重点实验室已发表学术论文3500余篇，出版著作（译著）110部，获得国家发明专利授权94项，获得软件著作权登记326项；完成国家标准、行业规范40余项，参与撰写国际标准4项；承担国家级和省部级项目660余项，科研成果获国家级、省部级奖励31项，其中获国家科技进步一等奖1项，国家科技进步二等奖5项，国家自然科学三等奖2项，省部级一等奖14项。目前，实验室有固定人员205人，其中，正高级职称24人，副高级职称48人；有流动人员（包括高级访问学者、博士后、博士生、硕士生、短期聘用、客座学生等）400余人。实验室拥有8800多平方米的办公科研用房，已建成一流的信息安全实验环境。